Dentro de su estructura académico – administrativa la Corporación Universitaria Autónoma del Cauca cuenta con cuatro (4) facultades que constituyen las unidades básicas de la Institución, encargadas de administrar los programas académicos, los proyectos de investigación, los programas de extensión y proyección social y los recursos asignados para su desarrollo.

* Facultad de Ciencias Adminsitrativas, Contables y Económicas
* Facultad de Derecho, Ciencias Sociales y Políticas
* Facultad de Educación
* Facultad de Ingeniería